自由行，其实也就是自己搞定食住行，而其中最麻烦的也就是交通了。不过在城市里旅行，特别是轨道交通发达的地方，比如日本，只要实现查好路线，随身携带详细的地图和交通资料，出行还是十分方便的。
不过在谈交通前还是有必要谈谈住宿，住宿地点对每日出游的交通影响还是非常大的。之前参考的几乎所有旅游攻略上都告诉初次来访的游客，最好住在山手线沿线。山手线是东京市区的一条环线，范围大致相当于上海的4号线，山手线只长不到一公里。由于是环线，所以换乘其他线路比较方便，而东京的几个主要换乘大站和主要商业区山手线都有经过（接下来细讲）。不管是从机场出入东京还是新干线和普通列车，最多只需要一次站内换乘就可以到达山手线沿线各站。推荐的住宿地方有：新宿、池袋、上野、品川、涩谷、日暮里等。另外机场铁路可以直达新宿、池袋、品川、上野和日暮里。我们住的新宿，离车站大概5分钟的路程可以坐到附近的3条地铁以及JR站。
东京是全球轨道交通最发达的城市之一（没去过纽约和伦敦），交通系统由JR东日本、地铁（营团和都营）和几家私人铁路公司（京王、京成、小田急、东急、西武、东武等）共同运营，在东京都范围内基本没有电车地铁到不了的地方（即便有也是游客不会去的地方）。我们在日本的5天4夜里就没有坐过任何汽车，全在轨道上搞定交通。对于游客来说，线路固定、标示清楚、班次有保证的电车自然是第一首选。公交车要找站头，上车了还要担心坐过站，有的时候害怕司机不停，这些问题对于电车都基本不存在。当然，巴士和出租车贵得吓死人也是另外一方面的原因。
电车路线总览图在网上没找到特别全的版本（网上地图如google map和yahoo map除外），有一个Suica手册里的图片比较全（不过是E文的，E文虽然能看懂内容，但地名还不如日文汉字好记实用），链接在此：Click here for the map of Tokyo metropolitan area [PDF/205KB]。在线地图的话除了google外，yahoo也有非常翔实的资料，还可以选择按照路途时间和费用排序结果。
如果住在上面推荐的几个山手线沿线地方，那到东京各处都十分方便。几乎各条地铁、国铁和私铁线路都和山手线有方便的换乘。如果换乘涉及到不同的公司，则需要出站换乘（改札），这点和国内不太一样（国内一个城市的地铁一般只有一个运营公司，换乘站内为主，偶尔出站）
最后简单介绍几条线路：
山手线：JR系，东京市区环形运行，类似上海4号线和北京2号线，串起了东京大量的主要车站、景点，自由行必乘（应该也是乘坐最多的）。一圈一个小时左右，每站都停。重点车站有东京（火车站）、新宿、品川、上野、池袋、涩谷。车厢较新，每个车门上有电子显示屏报站。
中央-总武线：JR，横贯东京市区的东西向铁路。途径新宿、东京、饭田桥。这次出行没坐过。有急行和每站都停的车，月台可能不同，换乘时注意。
千代田线：营团系，东北-西南走向地铁，经皇宫、表参道、明治神宫，并与小田急铁路有互通的列车；
京叶线：JR系，东京站附近出发，通往迪斯尼
丸之内线：营团系，C字形路线，从市区西部经银座东京后折向西北，经新宿、银座、东京站、皇宫
大江户线：都营系，环形运营，和JR山手线有交叉，经新宿、东京塔、饭田桥
银座线：营团系，东北-西南向地铁，修建较早，经浅草、银座、表参道、涩谷
